Le Mali est une région clé pour la surveillance de l’influenza aviaire en Afrique de l’Ouest : 3 pays voisins (le Burkina Faso, la Côte d’Ivoire et le Niger) ont déjà eu des cas d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) de type H5N1. De plus, on y retrouve la deuxième plus grande zone humide d’Afrique : le delta intérieur du Niger. S’étendant sur plus de 4 119 500 hectares au milieu de la zone Sahélienne, le delta est une zone d'hivernage clé pour de nombreux oiseaux d’origine Paléarctique (comme la sarcelle d’été ou encore le canard pilet) ou Afro tropicale comme le dendrocygne veuf. De nombreux oiseaux sauvages du delta sont encore largement chassés par des pêcheurs et chasseurs locaux afin d’alimenter les marchés locaux, particulièrement à Mopti. Le commerce d' oiseaux sauvages souvent en contact avec les oiseaux domestiques facilite la collecte d’échantillons biologiques pour la surveillance de l’influenza aviaire et représente un observatoire intéressant de l’écologie du virus à l’interface entre oiseaux sauvages / oiseaux domestiques / homme.
Le Mali fait parti du projet de recherche GRIPAVI sur l’écologie et l’épidémiologie de l’influenza aviaire dans les pays du Sud. Dans le cadre de ce projet, les activités suivantes sont entreprises au Mali :
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