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ÃƒÂ‚Ã‚Â© L. Stannard, University Cape Town

Virologie

Activités de recherche et de formation en virologie moléculaire

Détection moléculaire haut débit des virus de l’influenza aviaire (AI) et de la maladie de Newcastle (ND) : écologie virale et transfert entre oiseaux sauvages et domestiques.

Etude de fonction des gènes (en particulier NS1 et PB1-F2) avec une application possible long terme sur le développement de nouveaux outils de contrôle (nouveaux antiviraux).

Formation aux techniques de laboratoire et transfert de connaissance.

Détection moléculaire et caractérisation des virus IA et ND

Détection moléculaire haut débit : basée sur l’extraction automatique des acides nucleiques et une PCR en temps réelle dans des plaques de 96 puits (type ELISA) : avec une capacité maximum pour la détection des virus influenza type A de 350 échantillons/jour.
Identification des virus IA de type A (gène M) et des virus ND (gène F), sous-typage H5, H7 et pathogénicité par séquençage du site de clivage.
Séquençage génomique et analyse des séquences avec 2 approches : (1) recherche de déterminants moléculaires connus de virulence et de spécificité de l’hôte ; (2) analyse phylogénique afin d’établir des relations entre les souches africaines des oiseaux sauvages et domestiques et d’autres séquences virales disponible dans les bases de données.

Formation et transfer de technologies

Formation en techniques de laboratoire et outils de diagnostic moléculaire : dans le laboratoire du CIRAD ou dans les laboratories sur place.
Coordination avec d’autres institutions (FAO/AIEA, GTZ…).

Equipement

610 m² de laboratoire de sécurité classe 2 (BSL2) et 240 m² de BSL3.
250 m² d’animalerie, classe 2.
Automate, PCR en temps réel et autres équipement pour les techniques de virologie conventionnelle et moléculaire.

Perspective

Développement de systèmes de diagnostic moléculaires tout en un, vers une préparation intégrée des échantillons, de l’amplification des acides nucléiques, de l’hybridation par microarray et de la lecture par fluorescence dans un système unique.

L’équipe

Saliha Hammoumi (détection haut débit et caractérisation moléculaire)
Renata Servan de Almeida (Etudes fonctionnelles des gènes)
Patricia Gil (détection haut débit et caractérisation moléculaire)
Colette Grillet (détection haut débit et caractérisation moléculaire)
Emmanuel Albina (Responsable équipe de virologie, coordination)
Dominique Martinez (Responsable unité de recherché “Contrôle des maladies animales”, coordination générale)

Partenaires

Intra-CIRAD : Unité d’Epidémiologie + unite de Gestion intégrée de la faune (collecte et analyse des échantillons de terrain)
IZSVe & VLA : Outils diagnostiques
AFSSA : caractérisation virale
INRA : Etude de fonctions des gènes
Institut Pasteur : détection virale dans l’environnement

[ Contact ]

Dominique Martinez , Responsable de l'unité Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes